67. CRUSADE: Clark regresa a Smallville tras su extraño viaje con Jor-El, y lo hace en medio de un maizal, desnudo y amnésico. Quien lo encuentra no es otra que Lois Lane, la prima de Chloe, que está investigando la aparente muerte de su prima.
Lana está en parís, con un nuevo novio, Jason, y también le suceden cosas extrañas relacionadas con Clark. Una mañana, tras visitar una tumba con extraños simbolos y recibir una misteriosa descarga lumínica, se despierta con la espalda tatuada con un extraño caracter.

Lex está en Egipto realizando excavaciones, y encuentra un ídolo con extrañas inscripciones jeroglificas kryptonianas en su parte posterior. Lex vuelve emocionado a su jet con el ídolo, para recibir su diálisis, puesto que aún está enfermo del veneno de su brandy. Posteriormente hablará con su padre en prisión y ambos comentarán que al parecer, hay tres cristales enterrados en tres partes del mundo diferentes, que juntos pueden abrir la puerta de un tesoro inimaginable...
Clark no recuerda nada por más que Martha se esfuerza en mostrarle fotos y contarle cosas. A miles de kilómetros, por una turbulencia, el ídolo cae de las manos de Lex y se destroza contra el suelo, revelando un valioso y misterioso contenido oculto: un cristal transparente con una letra kryptoniana. El cristal comienza a brillar y a emitir un sonido sólo audible para Clark. El joven cae doblado de dolor y de repente se levanta como Kal-El.

Clark irrumpe volando en el avión de Lex y se hace con el cristal, aunque no queda muy claro si él lo ha visto o no. Regresa a Smallville y accede a una cámara secreta en las cuevas donde coloca el cristal, que parece ser la primera pieza de un rompecabezas, en una mesa especial. Despues sale de las cuevas y allí encuentra a su madre, que tras una charla con Bridgette Crosby, la ayudante del Dr.Swann interpretada por Margott Kidder, tiene en su poder un extraño trozo de kryptonita negra, que al emplearla contra Clark provoca que el joven de desdoble en Clark y Kal-El, y tras una breve pelea, Clark vence con la ayuda de la kryptonita negra. En el preciso instante que Kal-El desparece, Jonathan se despierta en su cama del hospital.

La familia Kent vuelve a estar unida y sana. Martha continúa atónita por haber visto volar a Clark, pero éste le confiesa que él no puede, que solo Kal-El sabía hacerlo al tener desplegado todo su potencial kryptoniano. Lois visita a Lionel Luthor en su celda, y le acusa abiertamente de ser culpable de la muerte de Chloe. La joven decide quedarse en Smallville hasta resolver el misterio de su prima. Clark le agradece lo que ha hecho por él y le asegura que la ayudará, que Chloe significaba mucho para él. Ambos estaban en el cementerio, dejando unas flores ante la lápida de Chloe. Clark, aunque asustado por lo que se puede encontrar, utiliza sus rayos X para ver el ataúd de Chloe... y está vació. Sin poder contener la emoción, se vuelve para llamar a Lois y le dice que Chloe sigue viva.

68. GONE: Clark y Lois investigan las cirsunstancias de la muerte de Chloe, que plantea muchas dudas. Clark está seguro que está viva, e incluso habla con Lex en una tirante conversaciónpara ver si sabe algo. Clark deduce que el general Sam Lane, padre de Lois (interpretado po rMichael Ironside), está con Lex encubriendo la verdad. La verdad no es otra que Chloe sigue viva, protegida por un plan de fuga y encubrimiento de Lex para que testifique contra su padre para que sea declarado culpable. Lionel envía a un asesino a matarla, un chico con poder de transformar su cuerpo en metal maleable y crear objetos metalicos. Clark y Lois terminan con él y salvan a Chloe, que testifica contra Lionel.
Lionel es encarcelado finalmente para regocijo de Lex, que ahora es dueño absoluto de la Luthorcorp. Clark sigue sin confiar en él, incluso empieza a pensar que Lex es el Ziget de la leyenda de Naman.
Por otro lado, la relacion entre Clark y Lana es muy tensa, ella no sabe bien por qué ha vuelto pero se sentia empujada... Y por si fuera poco, su novio, Jason, va a buscarla a Smallville para quedarse allí con ella.

72. TRANSFERENCE: Lionel Luthor está a un paso de su muerte por su enfermedad hepática, y convoca a Lex a una reunión en la cárcel que resulta ser una encerrona para intercambiar sus cuerpos mediante una piedra con un símbolo kryptoniano grabado (el mismo que lleva tatuado Lana, el símbolo del agua). Pero Clark, guiado por un extraño sonido, interviene y resulta ser él que intercambia por accidente el cuerpo con Lionel.
Lionel se ve entonces libre y con los poderes de Clark, y Clark atrapado en la prisión acosado por presos que pretenden matarle. Mientras Lionel siembra el desastre en la vida de Clark dejando el equipo de football y arruinando su relación con Chloe y Lana, Clark en prisión averigua lo que ha pasado, gracias al compañero de celda de Lionel, Edgar, un matematico que descubre patrones ocultos y que es capaz de interpretar el lenguaje de Krypton. Clark convence a su madre de la verdad, mientras que Lionel está punto de matar a Lex por recuperar parte de su dinero. Lionel demuestra absoluto desprecio por la vida de su hijo y solo le importa verlo destrozado. Finalmente, con la ayuda de Edgar y aprovechando una revuelta en prisión, Clark logra recuperar su cuerpo y deja a Lionel allí.
Sin embargo no encuentra la piedra, que es una de las dos que faltan en la cámara secreta de la cueva donde guardó la que encuentra Lex en Egipto, y además Lionel resulta milagrosamente curado de su enfermedad... aunque parece ser que no recuerda nada de lo ocurrido y que se siente, soprendente y misteriosamente... mejor persona. Clark va a ver a Lex, que sabe lo ocurrido, pero está extrañado de la fuerza de Clark cuando le ataca como Lionel. Los dos se abrazan y se alegran de haber vuelto a normalidad.
Y por si fuera poco, Edgar sale libre gracias a Lex y Clark, que promete ayudarle, y al salir le entrega la piedra kryptoniana nada menos a Bridgette Crosby, la ayudante del Dr. Swann...

74. SPELL: En 1604, en Francia, la condesa Margarithe Isabel Thouroux, una antepasado de Lana, es quemada en la hoguera por brujeria, y jura volver para vengarse. Precisamente es la persona que estaba enterrada en la tumba de París que visita Lana y a raíz de la cual le aparece el símbolo tatuado. Lana consigue hallar el libro de hechizos de Isabel, y queda poseída por el espíritu de ésta.
Isabel se vale de sus recuerdos y hace que sus dos secuaces brujas del siglo XVII tomen posesión de los cuerpos de Lois y Lana. Se valen de la magia para crear el caos y la lujuria a su alrededor, Lana casi mata a Lex, que no puede dejar de tocar el piano por orden suya, después de que Lana haga desaparecer el manuscrito-mapa que posee. Las tres también transformando la fiesta de cumpleaños de Chloe en casi una orgía.
Además, su máximo anhelo son las tres piedras kryptonianas y persuaden con magia a Clark para que les revele el lugar donde guarda la primera de ellas, tras quitarle sus poderes con un conjuro. Pese a todo, Clark va a la cueva y las espera allí, y en el momento que toca la piedra, recupera su poder y destuye el libro de conjuros de Isabel, devolviendo a las tres chicas a la normalidad sin recordar nada.
Lex confiesa a Lana que él despidió a Jason, y Lana se enfada mucho y se disculpa con Clark, a quien le confiesa lo que le ocurrió en París, en la tumba. Y Clark debe afrontar que además de la kryptonita, tiene un peligroso punto débil: es vulnerable a la magia.

77. UNSAFE: Alicia vuelve a Smallville por Clark. Diciendo estar curada, Alicia es liberada del hospital Belle Reve y llega a Smallville para volver a reiniciar su relación con Clark. A pesar de ser, al principio, muy esceptico acerca de Alicia, Clark se le ve disfrutar de una relación con alguien con quien comparte su secreto, pero ella empieza a insistir más hasta llegar a usar kryptonita roja sobre Clark. El lado Oscuro de Clark surge y lleva a Alicia a Las Vegas para casarse con ella. Mientras tanto, Lana decide reconquistar a Jason.

Lex también descubre que Clark y Chloe han logrado averiguar lo de su duplicación, y trata de matarlos derribándoles el laboratorio encima, pero Clark protege a Chloe y Lex lo ve todo, atando cabos.

Pasamos la acción a un día antes, donde descubrimos que entre las nominadas al baile está una más que soprendida Chloe Sullivan. La favorita para ganar es Dawn Styles, una chica superficial y cruel cuyo unico objetivo es la popularidad. Cuando su novio la deja, ella decide que sera Clark quien la lleve al baile y despistada en su coche buscando su teléfono, tiene un accidente y queda en coma, pero por accion de los meteoritos su espirito queda libre y puede entrar en cualquier cuerpo solo por contacto.

Posee a la madre de Clark, y todos notan como actua extrañamente. Después en el Talon, tras saber que Clark desea ir al baile con Lana, pose a ésta e invita a Clark. Y tras tratar de matar a su ex novio, va cambiando de cuerpo hasta que no le pueden seguir la pista... Incluso posee a la enfermera que cuida su cuerpo y se mata a sí misma, tras verse horriblemente desfigurada.

Mientras, Lex ha encontrado un cadaver en su propiedad, el de la doctora Bridgette Crosby, la ayudante del fallecido Dr. Virgil Swann. Jason parece terriblemente indignado, y amenaza a Lex con denunciarlo al sheriff, de modo que Lex limpia magistralmente la escena y los rastros de Bridgette Crosby hasta el punto de hacer ver que jamás ha existido, quedando Jason como un idiota. Pero después Jason llama a su madre por el móvil y le dice que todo ha salido como habian planeado, y vemos que él tiene la piedra que el matemático del episodio TRANSFERENCE robó y entregó a la Dra. Crosby. La personalidad de Jason acaba de dar un giro espectacular...

Mientras, en el baile, Chloe, poseída por Dawn, (que anteriormente habia poseido a Lois llevando a Clark a rastras al baile) es nombrada reina y da un discurso alabando a Dawn, y la gente corea el nombre de Chloe, cosa que la hace enfurecer, asi que baja a las calderas y ahi volvemos a la primera escena del episodio, Clark aparece y atrapa la escoba al vuelo impidiendo el incendio, y voluntariamente toca a Chloe-Dawn para traspasarse él su espíritu. Jonathan entra entonces con un trozo de kryptonita, aliado con Clark, y con su exposición Dawn abandona el cuerpo de Clark y desaparace para siempre. Chloe tambien ha visto la debilidad de Clark aparte de saber sus poderes...

Clark decide pedir ayuda a Lex, que pone a sus mejores cientificos a investigar y descubren que el niño, al que Clark y Lana han llamado Evan, sufre una alteracion que le hace absorber energia y liberarla violentamente al mismo tiempo que sufre un cambio de edad. Mientras hablan, Evan se vuelve a transformar en un adolescente esta vez, y Lex advierte de que la próxima explosion puede ser tan violenta que mate a mucha gente, ademas de a Evan, cuya unica salvacion radicaría en un transplante de médula de un familiar, y de inmediato, porque al joven Evan solo le queda un cambio y no faltan muchas horas...

Mientras, el fotografo responsable del anuario, Brandon, ha recreado en una nave industrial abandonada una copia exacta dle instituto y secuestra a un monton de alumnos a los que recluye allí obligandoles a vivir un eterno último dia de clase, obsesionado con no dejar nunca el instituto. Brandon tiene un extraño poder que transforma a las personas en maniquies congelados, y con ello los intimida. Secuestra a Chloe, y pronto sus amigos la empiezan a echar de menos...

Entretanto los Luthor son secuestrados por los Teague, que mediante tortura sonsacan a Lionel que él robó la piedra y se la dio a Lana después, ya que todos saben que ella es la elegida... Genevieve se marcha, presumiblemente a por Lana. Mientras, mediante una habil estrategia, Lex se libera, desata a su padre y huyen perseguidos por Jason, que les dispara. Pero Lex lo reduce y se convierte en perseguidor, y lo acorrala frente a un acantilado. Jason dice que Clark es la clave de todo, que siempre lo ha sido, los símbolos del granero, las cuevas, y que de hecho Clark es... pero sus palabras son acalladas por un disparo de Lionel, y el joven cae al agua.

Mientras, Clark y Lois han descubierto donde esta Chloe, y van a rescatarla. Lana tambien ha sido secuestrada, y Lois es congelada por Brandon, pero éste, al intentar congelar a Clark, se congela a sí mismo, y muere al destrozarse al caer al suelo, mientras Clark salva a Lana de caer y todos despiertan.

Al final del episodio Clark habla con su padre y le dice que él no tiene nada que ver con su decision, que lo hace porque él lo ha elegido. Jonathan se queda más tranquilo porque no quiere que su hijo le guarde rencor por perder una buena oportunidad como le pasó a él con su padre.

Al día siguiente es la graduación. Jonathan, Martha y Lois están allí para ver a Clark graduarse, pero Lana no se presenta a recoger su diploma. Pero la graduación es interrumpida por un convoy del ejército que advierte a la poblacón del inminente peligro de la lluvia de meteoritos, cundiendo el pánico. Clark considera que tiene que ver con él y decide hablar con Jor-El. Lex está a punto de pillarle con la llave octogonal en la mano, y le da claras señales de que sabe que esconde un secreto. Clark va a las cuevas y se comunica con su padre biológico, que le advierte que "nunca deberias haber dejado caer los elementos en manos humanas, ya que tu misión era reunirlos y hacer de los tres uno solo. Uno de los elementos ha sido manchado de sangre humana, y ahora una lluvia de fuego caerá sobre este planeta y ni siquiera tu podras sobrevivir a menos que encuentres las tres piedras..." Clark sabe que no tiene tiempo, pero aun asi les pide a sus padres que se marchen y se pongan a salvo y él se queda a buscar los elementos...

Clark se sorprende al encontrar a Lana en el granero, muy nerviosa, que le pide que ahora confíe en ella como tantas veces él le ha pedido que confiara en él, y le entrega la piedra manchada de sangre. Lana le dice a Clark que pase lo que pase nunca lo olvidará, y que le quiere, y le besa. Después se marcha, dejado a Clark con la sensación de que era una despedida definitiva...

Clark coloca la piedra en su lugar en la cueva, mientras que Lionel está discutiendo con Lex acerca de los tres elementos. Al ser colocada la segunda, la que lleva Lionel en el bolsillo se ilumina y le provoca un ataque que lo deja en una especie de coma. Lex lo mira en el suelo y le dice muy tranquilo: "Papá, quiero que sepas antes de morir que realmente sí has criado la clase de hijo que siempre quisiste..." Mientras, Jason, que está herido pero vivo, secuestra a los Kent en su granja tratando de sonsacarles dónde están las piedras, y al mismo tiempo Lex pone un helicóptero a Metropolis para Lana, y le pide por última vez que le entregue la piedra. Cuando ella le dice que no la tiene, Lex pierde la calma y le registra el bolso, y Lana comprende que nunca se ha tratado de ayudarla a ella sino del poder de las piedras.Jonathan y Jason forcejean, pero el joven lo reduce y cuando va a disparar... un meteorito impacta directamente contra la granja. La lluvia ha comenzado, y el pánico es terrible. Mientras, Clark ha ido la mansion de Lex, atraido por el sonido de la piedra de Lionel, que Lex ha guardado en la caja fuerte, pero al abrirla Clark se encuentra con la máscara de kryptonita que habia en China y queda derrotado. Chloe entra, lo ve y lo arrastra lejos de la influencia de la piedra verda, y Clark se recupera y huye a supervelocidad, pero Lex ve que falta la piedra y obliga a Chloe a acompañarlo a las cuevas. Mientras el helicóptero de Lana es derribado por un meteoro. Clark va la cueva y coloca la última piedra en su lugar, y las tres se transforman en una. Lex y Chloe estan en la cueva, y Lex ve la luz que desprende la piedra, pero Chloe lo golpea para que no vea nada. Clark coge la nueva piedra con fuerza y es transportado a algún lugar remoto perdido en medio del hielo del ártico...

La lluvia de meteoritos termina. Lois, desde una colina, observa desolada como Smallville ha quedado destruida casi por completo. Lana está herida, pero ha sobrevivido al accidente. Cerca de donde ha caido, hay un enorme cráter, y la muchacha se acerca a él. En su interior, la sorpresa es terrible: una enorme nave espacial, que comienza a abrirse ante los ojos de Lana. Y en el ártico, la piedra le indica a Clark una dirección. El joven la lanza con toda su fuerza hacia donde le indica, y la piedra vuela hacia su destino...